O golpe militar foi precipitado pelo comandante da 4ª Divisão de Infantaria, general Olímpio Mourão Filho, oficial de pouca expressão, que pôs seus recrutas em marcha de Juiz de Fora em direção ao Rio de Janeiro na manhã de 31 de março. Nas horas seguintes, diante da falta de reação do dispositivo militar de apoio a Jango, que temia a eclosão de um guerra civil, os principais chefes militares foram se alinhando com o esquema golpista. O general Arthur da Costa e Silva, um dos principais chefes do movimento sedicioso, autonomeou-se ministro da Guerra (Exército), em nome da “revolução”.
Também falhou a articulação do Comando Geral dos Trabalhadores para decretar greve geral contra o golpe. Sindicalistas e defensores da legalidade foram presos nas principais cidades. O governador de Pernambuco, Miguel Arraes, foi deposto e preso pelo comandante militar da região. A resistência civil, concentrada na sede da União Nacional do Estudantes (UNE), foi violentamente atacada por policiais civis e militares, que incendiaram o prédio da entidade na praia do Flamengo. Protestos foram reprimidos em todo o país.
Jango voou do Rio para Brasília, onde a oposição encenava uma farsa na noite de 1º de abril. O presidente do Senado, Auro Moura Andrade, declarou vaga a Presidência da República, alegando falsamente que o chefe de Estado teria fugido do país. No dia seguinte tomava posse, interinamente, o presidente da Câmara, Ranieri Mazzilli, que por duas semanas se comportou como refém dos ministros militares. Consumado o golpe, Jango deixou o Brasil pela fronteira sul para exilar-se no Uruguai. Odiado pelos golpistas, o então deputado Leonel Brizola tomou o mesmo destino.
Durante uma semana de anarquia institucional, milhares de pessoas foram presas sem qualquer formalidade. Porões de navios foram transformados em cárceres. No Recife, o ex-deputado e líder comunista Gregório Bezerra foi amarrado a um jipe do exército e arrastado pelas ruas. Em Belo Horizonte, a sede do jornal popular “O Binômio” foi invadida e destruída. Políticos ligados ao governo Jango buscaram asilo em embaixadas. Sindicalistas e militantes de esquerda entraram na clandestinidade.
No dia 9 de abril, finalmente, os três ministros militares apresentaram-se ao país como “Comando Supremo da Revolução” e editaram um Ato Institucional – o primeiro de uma série de atos arbitrários. O AI-1 suspendeu as garantias constitucionais e determinou a eleição, pelo Congresso, de um presidente para completar o mandato de João Goulart (até janeiro de 1966), com amplos poderes para mudar a Constituição. No mesmo dia foi divulgada a primeira lista de cidadãos com direitos políticos cassados por dez anos – uma centena, entre parlamentares, militares, sindicalistas e intelectuais.
Intimidado e mutilado pelas cassações, o Congresso entregou a presidência ao general Castelo Branco no dia 15 de abril. Menos de um ano depois, seu mandato seria prorrogado até 1967, com o cancelamento das eleições previstas para 1965. As listas de cassações se sucederam até o penúltimo governo militar. Fruto do desrespeito à Constituição e à democracia, o regime de 1964 iria se tornar a cada dia mais autoritário, repressor e brutal; uma ditadura com todas as letras, cruel e assassina.