Também falhou a articulação do Comando Geral dos Trabalhadores para decretar greve geral contra o golpe. Sindicalistas e defensores da legalidade foram presos nas principais cidades. O governador de Pernambuco, Miguel Arraes, foi deposto e preso pelo comandante militar da região. A resistência civil, concentrada na sede da União Nacional do Estudantes (UNE), foi violentamente atacada por policiais civis e militares, que incendiaram o prédio da entidade na praia do Flamengo. Protestos foram reprimidos em todo o país.
Jango voou do Rio para Brasília, onde a oposição encenava uma farsa na noite de 1º de abril. O presidente do Senado, Auro Moura Andrade, declarou vaga a Presidência da República, alegando falsamente que o chefe de Estado teria fugido do país. No dia seguinte tomava posse, interinamente, o presidente da Câmara, Ranieri Mazzilli, que por duas semanas se comportou como refém dos ministros militares. Consumado o golpe, Jango deixou o Brasil pela fronteira sul para exilar-se no Uruguai. Odiado pelos golpistas, o então deputado Leonel Brizola tomou o mesmo destino.
Durante uma semana de anarquia institucional, milhares de pessoas foram presas sem qualquer formalidade. Porões de navios foram transformados em cárceres. No Recife, o ex-deputado e líder comunista Gregório Bezerra foi amarrado a um jipe do exército e arrastado pelas ruas. Em Belo Horizonte, a sede do jornal popular “O Binômio” foi invadida e destruída. Políticos ligados ao governo Jango buscaram asilo em embaixadas. Sindicalistas e militantes de esquerda entraram na clandestinidade.
No dia 9 de abril, finalmente, os três ministros militares apresentaram-se ao país como “Comando Supremo da Revolução” e editaram um Ato Institucional – o primeiro de uma série de atos arbitrários. O AI-1 suspendeu as garantias constitucionais e determinou a eleição, pelo Congresso, de um presidente para completar o mandato de João Goulart (até janeiro de 1966), com amplos poderes para mudar a Constituição. No mesmo dia foi divulgada a primeira lista de cidadãos com direitos políticos cassados por dez anos – uma centena, entre parlamentares, militares, sindicalistas e intelectuais.
Intimidado e mutilado pelas cassações, o Congresso entregou a presidência ao general Castelo Branco no dia 15 de abril. Menos de um ano depois, seu mandato seria prorrogado até 1967, com o cancelamento das eleições previstas para 1965. As listas de cassações se sucederam até o penúltimo governo militar. Fruto do desrespeito à Constituição e à democracia, o regime de 1964 iria se tornar a cada dia mais autoritário, repressor e brutal; uma ditadura com todas as letras, cruel e assassina.