Os alvos da ala governista são a senadora Damares Alves (Republicanos-DF) e a ex-primeira-dama Michelle Bolsonaro e suas ligações com a Missão Evangélica Caiuá, uma ONG ligada à Igreja Presbiteriana que realiza trabalhos em tribos indígenas pelo país.
De 2019 até 2023, a ONG recebeu, segundo o Portal da Transparência, R$ 900,3 milhões. Parte do valor foi usado, segundo a organização, para a saúde Yanomami, povo que passou por uma tragédia humanitária sob o governo do ex-presidente Jair Bolsonaro (PL). A ONG chegou a ser responsável por 64% dos atendimentos em saúde indígena no Brasil.
Até o momento, a CPI tem priorizado depoimentos críticos à atuação de organizações não governamentais na região amazônica e busca alguma ligação delas com o governo federal.
O discurso vigente do presidente da comissão, Plínio Valério (PSDB-AM), e do relator, Márcio Bittar (União Brasil-AC), é o de que as ONGs atendem interesses internacionais, em especial dos Estados Unidos e da União Europeia. Eles dizem ter mais de 370 ONGs atuam só na região do alto do Rio Negro.
